بنا بر پیشنهاد کمیته اجرایی کنفدراسیون فوتبال آسیا، مرحله مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۸ با مرحله مقدماتی جام ملتهای آسیا ۲۰۱۹ که با ۲۴ تیم برگزار میشود، ادغام گردید. بنابراین دو دور اول مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۸ نیز به عنوان بخشی از مقدماتی جام ملتهای آسیا ۲۰۱۹ محسوب شد.
دور اول: ۱۲ تیم (تیمهای ردهٔ ۳۵ تا ۴۶ آسیا) به صورت رفت و برگشت با یکدیگر دیدار میکنند و ۶ تیم برنده به دور دوم راه پیدا میکنند.
دور دوم: ۴۰ تیم (تیمهای ردهٔ ۱ تا ۳۴ آسیا و شش تیم برنده دور اول) در هشت گروه پنج تیمی قرار میگیرند و به صورت رفت و برگشت به مصاف یکدیگر میروند. تیمهای اول هر گروه و چهار تیم دوم برتر گروهها، به دور سوم مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۸ و جام ملتهای آسیا ۲۰۱۹ راه پیدا میکنند.
دور سوم: ۱۲ تیم که از مرحله دوم صعود کردهاند، در دو گروه شش تیمی قرار میگیرند و به صورت رفت و برگشت با یکدیگر به رقابت میپردازند. تیمهای اول و دوم هر گروه به طور مستقیم به مسابقات جام جهانی ۲۰۱۸ صعود میکنند. تیمهای سوم این دو گروه در دور چهارم با یکدیگر رقابت میکنند.
دور چهارم: ۲ تیم سوم گروهها در دور سوم، به صورت رفت و برگشت با یکدیگر رقابت میکنند. برندهٔ دور چهارم نیز در مرحلهٔ پلیآف بینقارهای حضور پیدا میکند و در صورت پیروزی برابر حریف خود به جام جهانی ۲۰۱۸ راه پیدا میکند.
بهترین ۲۴ تیم حذف شده در دور دوم، شانسی برای حضور در جام جهانی ۲۰۱۸ نخواهند داشت و برای حضور در جام ملتهای آسیا ۲۰۱۹، در دور سوم مقدماتی جام ملتهای آسیا ۲۰۱۹ و در شش گروه چهار تیمی قرار میگیرند. (دور سوم مقدماتی جام ملتهای آسیا ۲۰۱۹ با دور سوم مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۸ متفاوت میباشد)
تیمور شرقی در بازی اول با نتیجهٔ ۴–۱ و در بازی دوم با نتیجهٔ ۱–۰ در مقابل مغولستان در مجموع با نتیجهٔ ۵–۱ به برتری دست یافت و به دور بعد صعود کرد، اما در تاریخ ۱۲ دسامبر ۲۰۱۷، فیفا هر دو بازی را به دلیل استفاده تیمور شرقی از بازیکنان غیرمجاز، با نتیجهٔ ۳-۰ به سود مغولستان اعلام کرد. با این حال از آنجاییکه مدت زیادی از دور دوم گذشته بود، مغولستان جایگزین تیمور شرقی نشد.